Na modalidade de frete por categoria você poderá definir um valor fixo de frete para cada categoria de sua loja. Se o pedido tiver mais de um produto, o frete será somado.Exemplo:
Produto 1 - Valor do frete na categoria R$20,00
Produto 2 - Valor do frete na categoria R$10,00 
Total do frete= R$30,00
Para configurar o frete por categoria, siga o passo a passo:
1- Acesse o menu LOJA > DADOS aba FRETE, ative o frete por categoria e salve a alteração.

2- Agora precisará acessar a edição de cada uma das categorias e inserir o valor do frete, vá em PRODUTOS > CATEGORIA, clique no ícone lápis para editar a categoria e insira o custo do frete, depois salve a alteração.

Pronto, está configurado o frete por categoria em sua loja.